A Prefeitura Universitária (PREUNI) é encarregada da administração da infraestrutura (projetos, obras e serviços de engenharia, manutenção predial e urbana) e serviços de apoio logístico e operacional (segurança e transportes) do Campus, executando serviços que possibilitam à instituição o desenvolvimento das atividades administrativas, de ensino, pesquisa e extensão. Além disso, tem papel preponderante na realização das atividades e vida no Campus e anexos, visto que sua finalidade é gerir a infraestrutura física da universidade, prestando apoio logístico e operacional. Também possui como meta ser reconhecida pela efetividade dos serviços prestados, atuando de maneira a consolidar o padrão de excelência almejado pela universidade.